טיפול בהיפנוזה מגובה במחקר מדעי והוכיח יעילות עבור תנאים ומטרות שונים. הוא נחשב לבטוח ולא פולשני; עם זאת, קיימים סיכונים והתוויות נגד מסוימים שיש להיות מודעים אליהם.

ייתכן שאנשים בעלי תנאים פסיכולוגיים מסוימים, כגון סכיזופרניה או הפרעות פסיכוטיות אחרות, לא יהיו מועמדים מתאימים לטיפול בהיפנוזה. מקרה נוסף אך נדיר הוא שאנשים מסוימים עשויים לחוות תופעות לוואי קלות וזמניות במהלך היפנוזה, כגון סחרחורת, בחילה או כאבי ראש.

חשוב לשים לב שבעוד שהיפנוזה יכולה להיות יעילה במיוחד עבור אנשים רבים, ייתכן שלא תשיג את התוצאות הרצויות עבור כולם. רגישות ומוטיבציה אישיות הן גורמים משמעותיים שיכולים להשפיע על יעילות הטיפול בהיפנוזה.