Hipnoterapię poparto badaniami naukowymi i dowiedziono jej skutecznego działania w różnych schorzeniach i celach. Postrzegana jest jako bezpieczna i nieinwazyjna; jednakże należy liczyć się z pewnymi zagrożeniami i niezgodnościami.

Osoby zmagające się z pewnymi schorzeniami psychicznymi, takimi jak schizofrenia lub innymi zaburzeniami psychotycznymi, niekonicznie piszą się jako odpowiedni kandydaci do hipnoterapii. Co więcej, u niektórych osób podczas hipnozy mogą sporadycznie wystąpić łagodne i przejściowe fizyczne skutki uboczne, takie jak zawroty głowy, nudności lub bóle głowy.

Należy mieć na uwadze, że nieważne jak skuteczna okazała by się hipnoterapia, u wielu osób może nie przynieść pożądanych rezultatów. Indywidualna podatność i motywacja to istotne czynniki, które mogą wpływać na skuteczność hipnoterapii.